Les pesticides susceptibles d'être retrouvés sous formes résiduelles dans les produits du cotonnier sont les insecticides, les défoliants et les desséchants. Ces résidus se trouvent en grande partie dans les déchets d'égrenage et, d'autant plus que la récolte est faite mécaniquement. La présence de résidus sur les fibres est extrêmement variable. Elle dépend essentiellement du pourcentage de capsules ouvertes et de leur exposition au moment du traitement. Les teneurs résiduelles mesurées dans les graines et l'huile de coton sont toujours beaucoup plus faibles. Elles sont en général inférieures aux limites maximales autorisées. L'analyse des résidus des défoliants et des desséchants met en évidence deux facteurs pouvant avoir un effet sur les quantités résiduelles : d'une part la période entre l'application et la récolte, d'autre part la période allant du nettoyage à la fibre. Cette étude montre aussi que certains insecticides peuvent avoir des sérieux effets sur l'environnement et sur la santé humaine et animale