Dans le cadre du développement des activités du programme coton, l'Afrique du Sud apparaît comme une base idéale d'intervention de la sous-région australe. La production de coton ne représente que la moitié des besoins de consommation et les instances politiques ont la volonté d'accroître la production pour répondre à ces besoins. Elles encouragent la culture cotonnière, car cette spéculation de rente doit participer au développement de la petite agriculture dans les zones adaptées. En Afrique du Sud les actions de recherche sont inadaptées aux stratégies des petits producteurs et suffisantes pour faire du coton une culture de rente attractive et rentable. Le Cirad et l'Université de Prétoria ont construit les bases d'un partenariat dédié aux recherches cotonnières pour les petits producteurs de coton, notamment ceux de la province du Kwazulu-Natal et de la région des Makhathini Flats (Nord-est du pays). Dès 1999, un chercheur du programme coton du Cirad, J.-L. Hofs, accueilli au sein de l'Université de Prétoria, conduira en concertation avec les autres acteurs et partenaires impliqués dans la filière coton, des actions de recherche sur le cotonnier. Elles seront complétées par d'autres types d'activités : contribution aux modules d'enseignement à l'Université, création variétale avec Clark Cotton, montage de projets à vocation agro-industrielle, contribution à l'organisation d'ateliers de travail ou de réunions d'échanges.