Un modèle conceptuel d'analyse des cycles phytosanitaires est proposé comme base d'évaluation de la viabilité des systèmes cotonniers. Ce modèle se réfère aux processus interactifs entre des pratiques de protection de la culture contre les bioagresseurs et leurs dynamiques écologiques (taille des populations, composition des communautés, résistance aux produits phytosanitaires). L'approche est illustrée par une comparaison des cycles phytosanitaires de plusieurs pays cotonniers : la Thaïlande, l'Australie et le Mali. Leurs surfaces cotonnières étaient équivalentes dans les années 1980, mais elles ont ensuite évolué différemment. Au cours des deux dernières décennies, la production a chuté considérablement en Thaïlande, alors qu'elle a connu un essor sans précédent dans les deux autres pays. Nous faisons l'hypothèse que la maîtrise technique de la protection phytosanitaire est un élément majeur de ces trajectoires et que différents types d'organisation sociale de la production cotonnière peuvent contribuer à maintenir les systèmes cotonniers dans un domaine viable écologiquement et économiquement. Les études de cas présentées plaident pour une gestion intégrée de la protection phytosanitaire à l'échelle des agroécosystèmes. Elles suggèrent des modes de gouvernance adaptés à des contextes de production variés.