Les problématiques agri-environnementales requièrent la prise en compte de niveaux d'organisation différents. Ceci pose des problèmes de transfert des informations et des données d'une échelle à l'autre. Afin de faire le lien entre activités agricoles et environnement par le biais des pratiques phytosanitaires, nous proposons un itinéraire méthodologique fondé sur l'articulation entre une démarche multi-scalaire et l'utilisation de trois outils (SIG, modélisation graphique et SMA). Testé sur un territoire rural martiniquais soumis au problème de pollution des eaux par les pesticides, cet itinéraire méthodologique permet de mettre en valeur à la fois les déterminants des pratiques à plusieurs niveaux d'organisation, les liens entre ces niveaux et les impacts potentiels de ces pratiques sur l'environnement. Dans le cas de la Martinique, il est ainsi souligné que l'aménagement du territoire est l'une des conditions sine qua non pour la diminution des niveaux de pollution dans les eaux de surface. L'approche intégrée apparaît finalement pertinente pour I'anayse et la résolution des problèmes agri-environnementaux et pourrait être appliquée à d'autres situations touchant à la multifonctionnalité de l'agriculture.