Soixante-dix pour cent des 103 espèces de Coffea actuellement identifiées sont menacées d'extinction, mais peu d'entre elles sont étudiées. Un jeu de 40 marqueurs microsatellites polymorphes a été développé en utilisant une banque génomique de Coffea canephora enrichie en GA/GT. L'amplification de ces marqueurs a été testée sur des accessions de C. heterocalyx (une espèce déclarée " Gravement Menacée ") et C. pseudozanguebariae (une espèce déclarée " Vulnérable "), appartenant à différents clades géographiques Africains. Tous les microsatellites sont polymorphes chez C. canephora, avec un nombre moyen d'allèles par locus de plus de 3 (sur un minimum de 9 génotypes testés). Les hétérozygoties observées et attendues, calculées pour les espèces C. canephora et C. pseudozanguebariae varient respectivement entre 0,10 et 0,91; et entre 0,20 et 0,77. Au total, 95 % des paires d'amorces ont permis une amplification chez C. heterocalyx et C. pseudozanguebariae, indiquant un fort taux de transfert au sein du genre Coffea. Ce large jeu de marqueurs sera utile pour des études génétiques approfondies des espèces menacées de Coffea.