La fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une maladie abortive zoonotique due à un arbovirus (famille des Bunyaviridae, genre Phlebovirus). Récemment, des épidémies de FVR ont été observées dans la région de l'Océan Indien conduisant à un impact important en santé animale et en santé publique. Notre objectif était de déterminer l'incidence sérologique de la FVR à Madagascar et dans l'archipel des Comores (y compris l'île de Mayotte). Entre 2009 et 2011, 635 animaux ont été suivis par le réseau AnimalRisk-OI, à des intervalles de temps réguliers, et des échantillons de sérums ont été analysés par Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay (ELISA) et par test de séroneutralisation. Le taux d'incidence annuel, entre 2010 et 2011, était de 0,070 (IC 95% [0,000 ; 0,152]) à Madagascar et était de 0,144 ([0,130 ; 0,257]) aux Comores. Sur l'île de Mayotte, le taux d'incidence était de 0,086 ([0,00 ; 0,256]) entre 2009 et 2010 et était de 0,131 ([0,000 ; 0,429)] entre 2010 et 2011. L'incidence n'était pas significative différente entre Madagascar, les Comores et Mayotte. Une analyse détaillée des variables recueillies a été effectuée à Madagascar pour expliquer l'incidence de la FVR. Les cas d'incidence sérologique ont été observés sur un seul site (Ankilibe), en juin 2010, pour lequel les précipitations cumulées ont été importantes à ce moment-là. Ce site est également caractérisé par un écosystème aride, qui est unique parmi nos sites étudiés, et pourrait favoriser le développement des moustiques Aedes. Ces espèces de moustiques sont connues pour leur résistance à la dessiccation. Par ailleurs, des moustiques Culex. tritaeniorhynchus (vecteur putatif de la FVR) ont été collectés sur tous les sites tandis que l'espèce Ae. durbanensis n'a été capturé que sur le site d'Ankilibe. L'analyse descriptive sera étendue à l'archipel des Comores, comme l'élaboration d'un modèle épidémiologique de la transmission du virus de la FVR pour ces îles. Cette approche, bien que peu répandue, est très