Theobroma cacao est un arbre originaire des régions tropicales humides d'Amérique latine. Il est cultivé pour ses fèves qui permettent la production de chocolat. Le Nacional, originaire d'Equateur, est une variété de cacao fin connue pour ses arômes floraux et épicées, appelée saveur "Arriba". Les mécanismes de la synthèse de ses arômes restent peu connus. Les travaux de cette thèse ont porté sur l'étude des déterminants génétiques et biochimiques des arômes des cacaos fins équatoriens afin d'initier de contribuer aux connaissances dans ce domaine.Une première partie de l'étude a été réalisée à partir d'une population de cacaoyer de type Nacional moderne, qui est la variété de Nacional actuellement cultivée. Des études d'associations ont été réalisées sur l'ensemble du génome (GWAS) et ont porté sur l'analyse des composés volatils relatifs aux arôme floraux et fruités (fruits frais et fruits secs) contenus dans les fèves, avant et après torréfaction, ainsi que, sur des résultats d'analyses sensorielles de liqueurs. Cette première étude a pu montrer que les arômes floraux du Nacional étaient principalement synthétisés grâce à deux voies de biosynthèse: celle des monoterpènes et la voie de dégradation du L-phénylalanine. Les résultats relatifs aux arômes fruités ont permis de mettre en lumière cinq voies métaboliques majeures: la voie de biosynthèse des monoterpènes, les voies de dégradations du L-phénylalanine, des sucres, des acides gras et des protéines. Des gènes candidats codant pour des enzymes impliqués dans ces voies métaboliques ont été identifiés dans les zones d'associations correspondantes.La variété Nacional moderne est issue de diverses générations de croisements entre des Trinitario (hybrides Amelonado/Criollo) et le Nacional ancestral, mettant ainsi en jeu 3 ancêtres contrastés. L'effet de cette étape de domestication récente sur les arômes de la variété Nacional moderne a été étudié. Grâce aux données de génotypage des trois ancêtres de référence et a