Les variétés modernes de canne à sucre sont des aneuploïdes complexes dont le nombre de chromosomes varie entre 100 et 125. La plupart sont hérités de S. officinarum et 5-10% proviennent d'espèces sauvages apparentées, principalement S. spontaneum. Cette constitution génomique particulière apparaît favorable pour cartographier le génome de S. spontaneum, en utilisant le maïs comme référence diploïde. L'analyse de 32 individus dérivés de l'autofécondation de la variété SP701006 avec quatre systèmes enzymatiques et 53 sondes nucléaires de maïs couvrant l'ensemble du génome du maïs a permis d'identifier 348 bandes en ségrégation. Quatre-vingt-quatorze marqueurs ont été placés dans 25 groupes de coségrégation avec des seuils de signification très élevés. Dix-huit de ces groupes impliquent des marqueurs spécifiques de S. spontaneum et pourraient donc correspondre à des chromosomes de S. spontaneum en ségrégation. Sur la base des sondes en commun, les 25 groupes de coségrégation peuvent être assemblés en huit groupes de liaison provisoires, sept d'entre eux décrivant des chromosomes de S. spontaneum. Un important degré de synténie a pu être montré entre la canne à sucre et le maïs, avec un taux de recombinaison bien plus faible chez la canne à sucre