La culture du cotonnier s'est largement répandue dans le Sud du Mali où elle a permis le développement de la culture attelée et l'utilisation d'intrants (engrais, insecticides, herbicides). Cependant beaucoup de questions sont posées sur la durabilité du système actuel. Les surfaces cultivées ont beaucoup augmenté ; les risques d'érosion sont sérieux ; certains sols sont trop acides pour être cultivés en cotonnier et surtout, les bilans minéraux calculés sont déficitaires, surtout en potassium. Aussi certains auteurs n'hésitent pas à prédire une catastrophe prochaine due à la surexploitation par cette agriculture " minière". Mais d'autres critères montrent au contraire une agriculture dynamique, avec des rendements modestes mais stables, des champs cultivés depuis très longtemps sans jachère, l'augmentation sans difficulté des surfaces cultivées, l'utilisation d'engrais et de beaucoup de fumier. Différents systèmes de culture coexistent, qu'il faudrait mieux comprendre pour interpréter ces observations contradictoires. Ainsi l'âge des champs actuellement cultivés permet de distinguer un système de culture permanente qui s'installe progressivement depuis 40 ans et couvre actuellement 60% de la surface cultivée, et sur les autres 40%, de la culture itinérante à 10 ans de culture avant la remise en jachère. Les systèmes de culture varient aussi en fonction de la position dans la toposéquence. Au total, depuis une vingtaine d'années, l'agriculture de la région Mali-Sud a connu une formidable intensification, à rendement constant, par augmentation du pourcentage de la surface cultivée chaque année. Le passage à la culture continue libère beaucoup de surface de jachère et permet l'augmentation des surfaces cultivées.