Les grands projets de développement rural en Afrique font depuis longtemps l'objet d'une confrontation entre les deux philosophies du développement, l'une qui se veut plutôt autoritaire et descendante, l'autre dite autocentrée ou participative et désireuse de partir des besoins exprimés par les populations bénéficiaires. La conception traditionnelle en matière d'amélioration génétique du cotonnier relève plutôt de la première approche, le travail de sélection s'effectuant essentiellement en station. Néanmoins, les initiatives favorables à la démarche participative appliquée aux cultures vivrières prises notamment par des chercheurs du CGIAR actualisent les termes du débat et permettent de s'interroger sur l'intérêt d'initiatives similaires pour l'amélioration génétique du cotonnier