Deux systèmes enzymatiques discriminants pour l'identification des Phytophthora sont utilisés en routine au CIRAD-CP : PGI (phosphogluco-isomérase, 1 locus, PG/1) et MDH (malate-déshydrogénase, 2 loci, MDH1 et MDH2). De nombreux isolats provenant de différents pays producteurs ont pu être ainsi identifiés. Le rattachement aux espèces morphologiques et à leurs souches types prises comme références a, de plus, permis de mettre en évidence P.arecae sur cacaoyer et sa liaison génétique étroite avec P.palmivora. La conséquence de ce marquage moléculaire est actuellement une confirmation comme agents de la pourriture brune des cabosses de P.megakarya, P.palmivora, P.arecae, P.capsici, P.citrophtora et P.MF4.