Les différentes descendances étudiées ont montré la présence de gènes de résistance provenant des divers clones utilisés. Cette situation est favorable à l'amélioration de la résistance des géniteurs par un cumul possible des différents gènes de résistance pouvant être utilisés dans une Sélection Assistée par Marqueurs (SAM). Différents QTLs de la résistance évaluée au champ ou avec le test feuille chez plusieurs géniteurs pourraient être utilisés pour la SAM. Les QTLs de la résistance à plusieurs espèces de Phytophthora, évaluée par le test feuille chez le clone Sca 6 et chez le clone Trinitario H, sont particulièrement intéressants ; une sélection pour la résistance aux différentes espèces de Phytophthora serait effectivement utile pour limiter l'extension de l'espèce P. megakarya. D'autres QTLs, à forts effets génétiques, identifiés avec le test feuille ou des observations sur plusieurs années en champ pourraient être de bons candidats pour initier des premières expérimentations pour la mise en place d'une SAM. La base génétique utilisée dans la plupart des programmes de sélection provient généralement des groupes des Forastero et des Trinitario. Les déséquilibres de liaison entre les marqueurs et les caractères d'intérêt comme les caractères de résistance dans différentes populations pourraient être recherchés pour fournir des informations utiles à l'amélioration de T. cacao. C'est le cas pour le groupe des Trinitario et la famille des IMC. Les clones Trinitario sont largement utilisés dans les programmes de sélection pour de nombreux caractères d'intérêt (résistance, qualité, caractères agronomiques) et les résultats obtenus dans l'identification des QTLs pourraient avoir de plus importantes applications dans la SAM utilisant d'autres Trinitario que ceux étudiés durant le projet. C'est aussi le cas pour les clones IMC largement utilisés dans les programmes d'amélioration et appartenant à la même cabosse collectée par Pound en 1938. L'amélioration des clones pou