Des marqueurs de l'ADN (AFLP, RAPD, RFLP, SSR) furent récemment utilisés pour évaluer la diversité génétique présente chez les caféiers (C. arabica) sauvages et cultivés, et pour détecter les introgressions de C. canephora et C. liberica dans le génome C. arabica. Les résultats permettent de définir des stratégies d'amélioration qui utilisent l'ensemble de la diversité génétique conservée dans les collections en champ et de contrôler les transferts de gènes pour améliorer les cultivars C. arabica. Presque tout le polymorphisme fut généré par le matériel d'Ethiopie. Les accessions du sud ouest de l'Ethiopie se sont classées séparément des accessions du sud est. Les cultivars se sont regroupés selon leur origine génétique (Typica ou Bourbon). Les cultivars du Yémen furent associés avec les accessions dérivées du Typica, ce qui confirme l'origine yemenite du caféier cultivé à Amsterdam et Paris au début du XVIlle siècle et connu plus tard comme Typica. Les introgressions de C. canephora et C. liberica furent identifiées dans des descendances d'hybrides interspécifiques naturels (Hybride de Timor et S26). Les génotypes introgressés se sont distingués des accessions C. arabica par la présence de bandes additionnelles (marqueurs introgressés) et l'absence de bandes (marqueurs liés au processus d'introgression). Les bandes manquantes pourraient être associées au processus de stabilisation des fragments introgressés au cours des générations. Les ségrégations du génome C. canephora furent étudiées chez l'hybride interspécifique tétraploïde (C. arabica x C. canephora), en utilisant une carte de liaison de C. canephora. Les chromosomes ségrègent au hasard chez l'hybride tétraploïde, ce qui indique l'absence d'appariements préférentiels des quatre ensembles de chromosomes. Les recombinaisons chez l'hybride tétraploïde ne sont pas significativement limitées par la différentiation génétique des chromosomes appartenant aux différents génomes.