Sept espèces sont définies dans le genre Ananas, dont Ananas comosus, cultivée pour le fruit. Le marché international est dominé par une variété, la Cayenne Lisse. Cette situation fragilise la production et renforce l'intérêt d'une bonne gestion des ressources génétiques. L'objectif de ce travail était de préciser la constitution des pools géniques primaire et secondaire de l'ananas, d'étudier l'organisation de la diversité inter et intra-spécifique, et de tenter de reconstituer l'histoire de l'évolution et de la domestication. Le matériel végétal étudié provient des collections française et brésilienne et de prospections. Le polymorphisme de restriction de fragments d'ADN chloroplastique amplifiés (PCR/RFLP), et l'hybridation de sondes homologues sur fragments restreints de l'ADN total (RFLP) ont été utilisés pour étudier l'échantillon. Les analyses de diversité montrent une relation de parenté étroite entre Ananas et le genre mono-spécifique voisin, Pseudananas (2n=4x=100). La diversité de l'ensemble Ananas-Pseudananas est structurée en trois groupes: deux géographiquement définis au Sud-Est et au Nord-Ouest du sous-continent, et un plus ubiquiste incluant tous les Ananas ananassoides. Des divergences entre les résultats obtenus avec les deux types de marqueurs mettent en évidence l'existence d'un flux génique entre ces trois groupes, le troisième jouant un rôle central. Quatre morphotypes sauvages et des populations hybrides ont été décrits. Ces résultats sont mis en parallèle avec les connaissances sur l'évolution paléo-climatique de la région pour reconstruire l'évolution de l'ananas. Les liens de parenté entre Ananas ananassoides et les trois espèces cultivées ont été établis. Les représentants d'Ananas lucidus, cultivé pour la fibre, en sont directement issus et ont été domestiqués de façon convergente. Ananas bracteatus, cultivé comme haie vive, est un hybride avec le groupe Sud-Est. Une des formes sauvages d'Ananas ananassoides trouvée