La modélisation des écosystèmes exploités demande un effort de recherche spécifique compte tenu de la diversité des processus à représenter, de la multiplicité des échelles et des niveaux d'organisation. Plus qu'utiliser ou adapter les outils existants, il est nécessaire conjointement en développer des spécifiques et réfléchir à une méthodologie de leur emploi. Le questionnement principal reste à savoir comment formaliser les systèmes physiques, biologiques et anthropiques de manière à anticiper leur dynamique. En raison de sa complexité et des enjeux en cours, la modélisation de l'écosystème exploité du delta intérieur du Niger constitue un cas exemplaire pour l'élaboration des outils spécifiques et à l'émergence de la méthodologie recherchée. Cela s'est concrétisé dans la définition des processus à retenir, des niveaux d'organisation à considérer, des scénarios de modélisation à mettre en oeuvre. Cela est lié à la bonne connaissance antérieure de ce système, à l'échelle géographique large retenue (celle de tout le delta), à la perspective de gestion recherchée, et aux premiers choix en matière d'architecture informatique basée sur l'imbrication de couches correspondant aux niveaux d'organisation.