La maladie des raies noires et la maladie de Sigatoka, respectivement causées par deux champignons apparentés, Mycosphaerella fijiensis et M. musicola, sont les maladies foliaires les plus importantes chez le bananier La compréhension de la structure génétique des populations et de l'évolution de ces pathogènes représente une aide importante pour l'amélioration et la gestion de la résistance à ces maladies. La structure de la population de chaque pathogène a été analysée en utilisant des marqueurs moléculaires, principalement à l'échelle globale et continentale. Des caractéristiques communes aux deux pathogènes ont été observées: 1) leur centre de diversité est localisé en Asie du Sud-est et des événements fondateurs accompagnant l'introduction des pathogènes dans d'autres régions ont conduit à une réduction de la diversité génétique; 2) la diversité génétique est maintenue dans toutes les populations et est également présente à l'échelle de la plante; 3) la recombinaison génétique a joué un rôle important dans la structure génétique des deux pathogènes; 4) une différentiation génétique existe entre populations, du niveau global au niveau local. La principale différence entre les deux espèces concerne les niveaux de la différentiation génétique. Alors que les populations africaines de M. fijiensis sont significativement différentes de celles d'Amérique latine/Caraïbes, aucune différence significative n'a été observée entre les populations de M. musicola originaires d'Afrique et d'Amérique latine/Caraïbes. Ceci suggère des introductions indépendantes de M. fijiensis, mais pas de M. musicola. A part cette situation, la différentiation génétique observée entre les populations à l'échelle globale et continentale indique un effet important de la dérive génétique et des flux géniques limités.