Une population de type "backcross" d'origine interspécifique Gossypium hirsutum x Gossypium barbadense, a été analysée pour un total de 1014 marqueurs. Les 888 locus cariographiés sur cette population comprennent 465 AFLP, 229 microsatellites, 192 RFLP, et 2 marqueurs morphologiques. Ils définissent 37 groupes de liaison correspondant pour majeure partie aux 26 chromosomes, et couvrent 4400 cM. La distribution des locus n'est pas uniforme le long des groupes de liaison qui présentent pour 18 d'entre eux une région et une seule à forte densité de locus. Une liste révisée des 13 paires d'homéologies entre chromosomes A et D du génome (2n = 4x = 52) du cotonnier tétraploïde est proposée. Les principales révisions impliquent les paires homéologues c3-c17, c4-c22, c5-D08 et c10-c20. Elles sont basées sur la cartographie de 68 marqueurs SSR et RFLP d'assignation chromosomique connue, ainsi que sur les comparaisons avec d'autres canes génétiques déjà publiées. Ces comparaisons ont montré une bonne conservation des ordres et des distances entre les marqueurs communs; elles conduisent à une estation de 5500 cM comme taille consensus minimale, et sont encourageantes pour le développement futur d'une carte génétique intégrée du génome du cotonnier. La présente carte offre une base de travail fiable pour l'étude et l'exploitation des QTL associés à des caractères d'intérêt chez le cotonnier.