La culture de la clémentine dans la plaine orientale de Corse est régulièrement confrontée à des attaques de Phytophthora causant surtout des dépérissements d'arbres atteints de gommose et des pourritures de fruits. Si des conditions climatiques peuvent favoriser l'expression de ces maladies, d'autres facteurs tels que des changements de pratiques culturales ou une modification des populations des pathogènes peuvent aussi expliquer cette recrudescence d'épidémies. Un sondage récent des populations de Phytophthora dans les vergers à l'aide d'outils moléculaires a révélé une forte majorité d'individus de Phytophthora citrophthora représentant plus de 95% de l'échantillon, confirmant ainsi une étude réalisée 25 ans auparavant. Une étude moléculaire plus poussée a montré que P. citrophthora était principalement structuré en deux groupes G1 et G2 représentant 70 et 27,5% respectivement. Le groupe G1 stérile correspond à la forme de P. citrophthora déjà identifiée dans les années 80. Le groupe G2, de type sexuel A2, représente une nouvelle population très variée. L'ensemble des isolats s'est montré pathogène sur un large spectre d'hôtes, mais certains isolats du groupe G1 se révèlent aussi pathogènes sur les porte-greffe Poncirus trifoliata et citrange Carrizo connus comme résistants. Ceci montre une évolution de la population de Phytophthora des agrumes qui s'est diversifiée et a acquis potentiellement des capacités adaptatives élargies; ceci a pu contribuer en partie aux récentes épidémies. Pour limiter l'impact de ces maladies, de bonnes pratiques culturales et une bonne gestion du matériel végétal doivent être appliquées.