Les bactéries peuvent causer des dégâts importants au niveau des cultures. La détection rapide et certaine de ces agents phytopathogènes est indispensable pour permettre une lutte efficace. La détection passe d'abord par un bon échantillonnage du milieu à analyser (sol, plante, graine) suivi par l'extraction des bactéries. Des tests d'idenfication directe ou indirecte sont ensuite appliqués. Chaque méthode a sa propre spécificité et sensibilité. Les techniques d'identification indirecte demande un isolement préalable de la bactérie recherchée sur milieu gélosé alors que les techniques directes ne le nécessitent pas. Les techniques applicables obligatoirement aux cultures bactériennes sont celles qui impliquent une caractérisation des capacités métaboliques (profils d'assimiliation ou de certaines structures (profils d'acides gras ou de proteine) des bactéries. Les autres techniques sont utilisables aussi bien après isolement que directement sur le substrat à étudier. Celles-ci font appel à la sensibilité aux phages des bactéries ou bien à leurs caractéristiques pathologiques (pouvoir pathogènes), sérologiques (agglutination, immunodiffusion, ELISA, immunofluorescence) ou génétiques (hybridation ADN-ADN, avec sonde, PCR, RFLP, RAPD, ASFR).