La maladie du balai de sorcière causée par le champignon pathogène Crinipellis perniciosa fait des ravages de plus en plus importants au Brésil depuis 1989. En détruisant la cacaoculture, elle a entraîné d'importants bouleversements économiques et sociaux dans les régions touchées, par exemple dans l'Etat de Bahia. Nos recherches en laboratoire visaient à cerner le déterminisme de l'interaction entre le cacaoyer et le pathogène Crinipellis à l'aide d'études génomiques fonctionnelles, et à contribuer à l'élaboration de méthodes efficaces d'amélioration génétique de la résistance à cette maladie, de façon à créer de nouvelles variétés obtenues grâce à une stratégie de sélection aidée par le marché. Nous présentons ici les résultats d'études sur l'expression génétique dans les méristèmes de cacaoyers résistants et vulnérables au pathogène, inoculés ou non de spores de Crinipellis perniciosa. Les plants, récoltés entre 0 et 70 jours après l'inoculation (symptômes de nécrose), ont servi à produire des séquences génomiques exprimées (EST) par séquençage aléatoire ou par la méthode SAGE (analyse en série de l'expression génétique). Nous avons commencé par mettre au point une méthode efficace et fiable pour isoler l'ARN de n'importe quel tissu de cacaoyer, en particulier des tissus comportant un forte concentration de polyphénols et de polysaccharides, comme les méristèmes et les fruits. Nous avons ensuite constitué deux bibliothèques de séquences d'ADN complémentaire correspondant aux plants inoculés, résistants et vulnérables. Nous avons cloné les deux bibliothèques en un vecteur d'expression pouvant aussi être induit à produire des protéines. Nous avons procédé au séquençage aléatoire de 10 000 EST des deux biliothèques. Enfin, à l'aide d'outils bioinformatiques, nous avons comparé ces résultats à ceux obtenus par la méthode SAGE. La collection d'EST obtenue grâce à ces deux méthodes a fourni de nouvelles données sur la physiologie de l'interaction entre Theobroma cacao