A adoção da Lei de Proteção de cultivares em 1997 e o desenvolvimento da cotonicultura no cerrado suscitaram a implantação ou a criação no Brasil de vários programas privados de melhoramento do algodoeiro (Delta & Pine Land, Stoneville, CSD/ Bayer, Fundação MT) ademais dos programas públicos (Embrapa, IAC, IAPAR, Epamig) ou cooperativistas (Coodetec) já existentes. A oferta varietal cresceu drasticamente, passando de uma dezena de cultivares no período 1990-97 a mais de 30 em 1997-2004. Hoje, há 58 variedades de algodão protegidas no SNPC no Brasil. A área algodoeira do cerrado oscila em torno de um milhão de hectares nos últimos anos, com forte potencial de crescimento. Porém, o problema da semente salva e pirata reduz drasticamente o mercado de semente oficial. Os programas de melhoramento privados dependem quase exclusivamente da venda de sua semente. Então a primeira preocupação é saber se o mercado de sementes atual e futuro são suficientes para manter todos os programas vigentes. A saída do mercado da Syngenta pode ser uma primeira resposta! Entre os obtentores privados, existem diferenças muito grandes de poder de competição, de um lado o melhoramento genético das empresas multinacionais como Delta & Pine Land, Bayer/ CSI, Stoneville ou da Fundação MT, e de outro lado empresas de porte médio ou pequeno como Coodetec, BS Genética e Melhoramento, L D Melhoramento de Plantas. Nesta competição pelo mercado, com exceção talvez da Embrapa Algodão, as instituições públicas (IAC, IAPAR, EPAMIG) têm pouca força, inclusive pela falta de estrutura adequada de produção de sementes, esquemas comerciais e de marketing agressivo. Para todos os pequenos programas de melhoramento, a única maneira de sobreviver é visar nichos cativos de mercado, ou trabalhar atrelados a associações ou cooperativas de produtores. Do ponto de visto técnico, o melhoramento genético do algodoeiro no Brasil têm especificidade marcada pela importância dos problemas fitopatológicos nas regiõe