Embrapa Algodão vem buscando identificar genitores contrastantes fenotipicamente que permitam mapeamento molecular de genes de resistência à mancha-de-ramulária. Para isso foram realizadas extrações do DNA através do método CTAB de uma linhagem do programa de melhoramento da Embrapa Algodão, resistente ã doença (CNPA CO - 11612), e de DeltaOpal, selecionada como uma das variedades mais suscetíveis. Posteriormente foram avaliados 118 primers microssatélites e 24 combinações de primers AFLP. Os fragmentos foram separados em gel de poliacrilamida a 6% e visualizados após coloração com nitrato de prata. Foi verificado que apenas 7 primers foram polimórficos entre os SSR , correspondendo a 6% dos testados. Os 24 primers AFLP geraram 394 locos, desses 8 primers foram polimórficos obtendo 21 locos polimórficos, o que representou uma taxa de 5,3%. Portanto o polimorfismo detectado com os marcadores SSR e AFLP foi baixo, dificultando o mapeamento da resistência à mancha-de-ramulária utilizando esse cruzamento intraespecífico.