Les systèmes en semis direct sous couverture végétale (SCV) dans les tropiques sont souvent décrits comme diminuant l'érosion, augmentant le stockage du carbone, diminuant les émissions de gaz à effet de serre et augmentant la production de biomasse. Les organismes du sol, microorganismes et faune, semblent également être fortement modifiés dans les systèmes SCV si on les compare à des systèmes traditionnels labourés. Nous présentons ici des résultats concernant l'abondance (en termes de densité et de biomasse) de la macrofaune du sol dans des systèmes SCV, traditionnels et dans des systèmes naturels au Brésil (Rio Verde) et à Madagascar (Antsirabe). Dans une deuxième partie, nous analysons et discutons le rôle des principaux ingénieurs du sol (vers de terre et larves de Coléoptères) sur la dynamique du carbone du sol. Le rôle des ingénieurs du sol a été étudié par des expériences en laboratoire et au champ à Madagascar. Au laboratoire, nous avons observé que les larves de Coléoptères concentraient le carbone organique dans leurs déjections, à la différence des vers de terre endogés. Dans une expérience au champ en mésocosmes, nous avons étudié l'effet des vers de terre endogés sur la matière organique du sol et le biofonctionnement du sol, en fonction de la localisation et de la qualité de résidus apportés. Dans cette expérience à court terme (5 mois), nous avons observé que les vers de terre augmentaient le taux de carbone dans les turricules mais que ce carbone n'était pas protégé contre la minéralisation.