Dans le contexte actuel de déforestation, l'agroforesterie est de plus en plus considérée en zone tropicale pour sa potentielle contribution à la conservation de la biodiversité. En Guinée Forestière (Guinée, Afrique de l'Ouest), l'évolution rapide des agroforêts (réduction du temps de jachère, crise de la filière café, pression foncière) pose la question de la durabilité de ces écosystèmes. L'objectif principal de cette étude a été de caractériser la structure et la diversité arborée associées aux agroforêts à café et de les comparer à une forêt naturelle. Soixante parcelles d'agroforêt ont été échantillonnées sur trois villages de la région et vingt parcelles sur la forêt classée de Ziama à l'aide d'une méthode de transect à aire variable. Le second objectif de l'étude était de déterminer l'influence des pratiques paysannes sur la diversité arborée en utilisant la même méthode. Les agroforêts à café de Guinée Forestière ont une structure qui en la comparant aux forêts naturelles nous montre que ce sont des écosystèmes mis en place et gérés par les agriculteurs. La construction d'une parcelle agroforestière passe par la mise en place d'un couvert végétal utile en conservant de nombreuse espèces forestières qui peuvent jouer un rôle clé pour la conservation de la diversité forestière à l'échelle de la région. Les pratiques paysannes notamment celles liées à la gestion de l'ombrage déterminent à l'échelle de la parcelle la diversité arborée. En terme de développement local, les parcelles à café avec un couvert arboré intermédiaire offrent le meilleur compromis entre conservation de la diversité arborée, rendement en café, travail pour l'agriculteur et production annexes.