Xanthomonas citri pv. citri est la bactérie responsable du chancre asiatique des agrumes, qui affecte plusieurs genres de la famille des Rutacées. Elle est distribuée dans de nombreux pays agrumicoles et listée comme organisme de quarantaine. Trois pathotypes ont été décrits chez ce pathovar sur la base d'apparentes différences de gammes d'hôtes. Nos objectifs étaient de décrire les relations phylogénétiques entre les pathotypes et pathovars de Xanthomonas citri pathogènes des Rutacées et d'améliorer notre connaissance de l'épidémiologie par une approche de génétique évolutive. Pour cela, nous avons analysé leur diversité avec quatre méthodes moléculaires. Les pathotypes A* et A', infectant principalement les limettiers, n'ont pas été différenciés par leurs profils génétiques (obtenus par des méthodes de polymorphisme de longueur des fragments amplifiés (AFLP) et l'analyse de séquences multilocus (MLSA)) et pathologique et doivent être considérés comme synonymes. La proximité des deux lignées phylogénétiques correspondant aux pathotypes A et A* suggère un ancêtre commun relativement récent. Deux méthodes de génotypage ciblant des séquences insertionnelles et des minisatellites ont été développées et évaluées pour des analyses épidémiologiques à différentes échelles spatiales. Les approches bayésiennes ont été pertinentes pour décrire deux populations au Vietnam, dont l'une a vraisemblablement été récemment introduite. Le fort déséquilibre de liaison détecté à tous les niveaux géographiques suggère un isolement géographique entre les souches. Ces outils pourraient être intégrés dans un système global de surveillance ou à des fins d'analyse épidémiologique de X citri pv. citri.