Au Cameroun, la principale espèce responsable de la pourriture brune des cabosses du cacaoy~r (Theobroma cacao L.) est Phytophthora. megakarya. Cet agent pathogène détruit en moyenne 50 % de la production camerounaise de cabosses. Depuis le début des années 1920, cette espèce a colonisée toute l'Afrique Centrale et continue son expansion en direction de l'Afrique de l'Ouest. EUe remplace progressivement P. palmivora. Elle a atteint en 2008, l'Ouest de la Côte d'Ivoire, la première zone de production de cacao mondiale. De ce fait elle représente la plus grande menace phytosanitaire pour le marché cacao mondial. Toutefois P. megakarya a été isolé uniquement en Afrique alors que le cacaoyer est originaire d'Amérique. Alors qu'elle est l'origine et le processus d'émergence de cette espèce? Après des recherches bibliographiques approfondies et nos propres travaux concernant la diversité génétique de ce parasite, il semble que deux hypothèses de mécanismes d'émergence soient possibles. Dans le cadre d'un projet ANR français " Emerfundis " (2008-2010), les deux hypothèses vont être testées en collaboration avec l'IRAD Cameroun. Les deux hypothèses de mécanismes d'émergence sont les suivantes: ---soit un saut d'hôte d'une plante hôte originelle endémique du Cameroun sur cacaoyer au moment de son introduction au Cameroun dans les années 1890-1900. Des prospections dans les zones putatives d'origines de P. megakarya (zone Bipendi et Fako) sont en cours de réalisation afin d'une part de trouver la plante hôte originelle et d'autre part de confinner que le maximum de diversité génétique se situe bien dans ces zones d'origines putatives. Les souches sont transférées et caractérisées au Cirad Montpellier par AFLP, RAPD et microsatellites. ---soit par évolution génétique: P. megakarya pourrait venir de la fusion de chromosomes de P. palmivora . Cette dernière espèce possède 10 à 12 chromosomes qui par un phénomène de fusion Robertsoniène par centromère auraient pu donner les 5 à 6