La prospection pour apprécier la diversité génétique des vanilliers de la SAVA s'est déroulée du 18 mai au 02 juin 2009. Elle a concerné 21 communes sur les districts de Sambava et d'Antalaha qui correspondent à la zone d'intervention du Projet CTHT Vanille. La zone d'Andapa a été rajoutée en raison de ses caractéristiques pédo-climatiques particulières. Les 65 parcelles visitées au total ont été choisies en concertation avec les responsables locaux (moniteurs SAF/FJKM et chefs de quartier) selon les critères suivants : Type de culture (traditionnel/ stabex), problèmes phytosanitaires connus, existence de phénotypes particuliers, accessibilité. Le matériel végétal cultivé (dit 'Gasy') paraît génétiquement homogène dans la SAVA et correspond au clone traditionnel deVanilla planifolia. Des vanilliers différents (dits 'Mexique') existent dans les parcelles, ils sont rares et commercialisés séparément de la vanille 'Gasy'. Ils sont facilement reconnaissables sur le terrain par leurs feuilles et fruits plus gros que la vanille ordinaire mais sont peu caractérisés sur les plans agronomique et aromatique. Les résultats du génotypage moléculaire (SSR et séquençage de gènes chloroplastiques et nucléaires) suggèrent qu'il s'agit d'hybrides divers entre V. planifolia et V. pompona. Le stock de ressources génétiques diversifiées maintenu sur la station vanille d'Ambohitsara s'amenuise au fil des ans malgré les efforts du Fofifa, en raison notamment des cyclones. Ce stock contient des génotypes intéressants mais est presque entièrement infecté par le Cymbidium mosaic