Os bancos de dados de ESTs do gênero Coffea têm auxiliado os estudos de identificação de marcadores moleculares. Entre estes trabalhos, foi desenvolvido um pipeline para busca de polimorfismos que resultou na identificação de 23.062 SNPs e INDELS presentes em dois genótipos de C. arabica e quatro de C canephora. Devido a baixa representatividade genotípica dos dados de ESTs, esse trabalho buscou validar os polimorfismos detectados pelo pipeline e avaliar a frequência dos mesmos em um painel maior de genótipos, representativo da diversidade de C. arabica (12 genótipos) e C. canephora (oito genótipos). Também foram avaliados os polimorfismos entre estas duas espécies com C. eugenioides, C. racemosa e Psilanthus bengalensis. Para a análise foram selecionados oito genes envolvidos na biossíntese de diterpenos e açúcares, importantes compostos relacionados à qualidade da bebida, bem como um gene mitocondrial e um cloroplastídico, que permitem também a inferência sobre a história evolutiva dos genes analisados. Fragmentos dos respectivos genes foram amplificados por PCR e os produtos foram sequenciados. O alinhamento das sequências e a detecção manual dos polimorfismos foram realizados pelo programa Codon Code Aligner. Aproximadamente 7,6 kb foram explorados para identificação de 465 polimorfismos incluindo 416 SNPs, 18 INDELs e 31 SSR. Uma frequência de 6,1 SNP foi observada a cada 100 pb. Quando todos os polimorfismos foram considerados, verificou-se que 110 correspondem a diferenças entre Psilanthus e Coffea e 360 correspondem a diferenças entre as espécies de Coffea; destes 266 são intra ou inter específicos para C. canephora e C. eugenioides, espécies ancestrais de C. arabica. Em C. arabica foram encontrados 134 SNPs, sendo que aproximadamente 87% destes correspondem a polimorfismos entre os parentais da espécie e apenas 13% correspondem a diferenças intraespecíficas, sendo que maioria dos polimorfismos intraespecíficos verificados não é