Au Maroc, une pratique culturale traditionnelle, les agroforêts, repose sur l'association d'essences ligneuses telles que l'arganier ou le caroubier à des cultures de production agricole (orge, blé...) ou maraîchère (haricot, fève...) très diversifiées. Toutefois, sous l'effet combiné de pressions anthropiques directes (exploitation, surpâturage,...) et indirectes (surirrigation, baisse des nappes phréatiques, déprise agricole, ...) mais aussi du changement climatique, ces pratiques agroforestières ont tendance à disparaître. Souvent peu gourmandes en eau, elles représentent pourtant une opportunité unique de ressources financières pour les populations rurales, qui se maintiennent ainsi dans les villages. La mise en oeuvre d'un programme visant à créer, restaurer ou maintenir ces systèmes agroforestiers typiques exige la prise en compte des communautés microbiennes associées aux plantes, en particulier les endomycorhizes présents dans pratiquement tous les systèmes racinaires, et l'étude de leur rôle dans le fonctionnement et la régénération de ce système. L'objectif de ce travail est tout d'abord de décrire la diversité des communautés microbiennes, en particulier les mycorhizes arbusculaires, associées aux cultures annuelles (espèces mycorhizées fixatrices d'azote ou non, jachère non cultivée) et d'en évaluer l'impact sur les communautés microbiennes associées aux essences ligneuses. L'échantillonnage est réalisé au Maroc dans les régions d'Agadir et d'Essaouira avec des prélèvements de sol et de racines au pied des arbres et dans les cultures associées. Par la suite, la structure et la diversité des espèces mycorhiziennes arbusculaires associées aux essences ligneuses et aux cultures annuelles sont révélées par PCR-DGGE, par amplification spécifique de la région LSU des ADNr. Les taxons mycorhiziens arbusculaires présents dans les racines sont alors identifiés par clonage-séquençage. La comparaison de la structure et de la diversité des mycorhizes arbusculaires a