Pendant plusieurs décennies, la sélection végétale a été fondée sur l'exploitation des variations naturelles des ressources génétiques évaluées par des caractéristiques phénotypiques et génétiques, ce qui a abouti à des avancées importantes dans la génétique. Dans le contexte des nouveaux défis agronomiques, tels que des changements climatiques radicaux, la propagation de maladies graves et la nécessité de parvenir a la durabilité de la cacaoculture, toutes les approches, conventionnelles et modernes, doivent être combinées afin d'optimiser la sélection génétique des cacaoyers. Au cours des dernières années, la génétique moléculaire et la génomique ont ouvert de nouvelles perspectives offrant la possibilité d'une meilleure exploitation des ressources génétiques pour la sélection des cacaoyers, et de relever ainsi les défis actuels. Le développement des techniques de génotypage et de séquençage haut débit ont transforme les niveaux des sorties et des analyses de données. Une vaste collection de séquences, correspondant a des gènes exprimes, a été récemment produite. Elle correspond à 48 590 unigènes. Il est maintenant possible de définir des marqueurs, identifies dans ces gênes exprimes. En tant que marqueurs génomiques, les marqueurs issus des gênes peuvent être utilises pour des études génétiques sur la diversité fonctionnelle et sur les caractéristiques utiles. Nous avons récemment produit et cartographie plus d'un millier de marqueurs SSR et SNP définis dans les gênés ayant une fonction putative. Ces marqueurs ont été utilises pour étudier la structure de la diversité des ressources génétiques du cacao. La structuration révélée par les marqueurs EST-SSR montre clairement une structuration en 3 groupes principaux, correspondant globalement a 3 régions géographiques : A) région amazonienne du Centre et du Nord de l'Equateur, associée aux clones de Criollo, B) région amazonienne du Sud de l'Equateur et partie ouest du Pérou (région Moron) associées aux clones Nacion