Les virus émergents sont définis comme ceux qui sont récemment apparus ou ceux dont les populations ont récemment augmenté en prévalence, en pathogénicité et/ou en répartition géographique. Parmi les phytovirus, le genre Begomovirus (ADN circulaire simple brin) transmis par l'aleurode Bemisia tabaci regroupe actuellement le plus grand nombre d'espèces virales émergentes d'importance économique. L'émergence virale est généralement associée à des facteurs écologiques et moléculaires aboutissant à de nouvelles interactions virus - vecteur - plante - environnement. Comprendre ces interactions et intégrer les différentes composantes de ce complexe sont des préalables nécessaires au développement de stratégies de contrôle et notamment à l'orientation des programmes de création variétale. Les introductions de virus et/ou de vecteurs sont les premières causes du phénomène d'émergence. Le développement d'un outil de diagnostic de PCR quantitative pour les bégomovirus présents dans les départements de l'Outre-Mer français permettra d'assurer un diagnostic précoce, de limiter les mouvements de plants contaminés et de réaliser des veilles épidémiologiques. Cet outil a permis également de mettre en évidence des différences d'accumulation virale entre les bégomovirus monopartites et bipartites, ainsi qu'entre les deux molécules du génome des bégomovirus bipartites. A La Réunion, l'introduction accidentelle et successive de deux souches exotiques et invasives de Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) nous a offert l'opportunité d'étudier l'évolution spatio-temporelle de ce complexe viral dans un écosystème tropical et insulaire. Cette étude a mis en avant un déplacement rapide du TYLCV-Mld par le TYLCV-IL. Nos travaux ont permis de mettre en évidence des aptitudes écologiques supérieures du TYLCV-IL. Nos analyses ont également mis en évidence des interactions fortes entre ces deux souches au niveau de la colonisation de l'hôte et de la dissémination naturelle qui ont permis le main