As cisteíno-proteases são aquelas usam uma cisteína do sítio ativo como nucleófilo durante a catálise. Os genomas de plantas codificam cerca de 140 cisteíno-proteases. Estas enzimas podem estar envolvidas na ativação de outras enzimas, em defesa contra ataque de insetos, em morte celular programada, defesa contra patógeno e germinação de sementes. Além disso, elas apresentam importância biotecnológica em indústria de alimentos, têxtil, farmacêutica e de detergentes. Uma cisteíno-protease denominada TcCysPr04 foi identificada em bibliotecas de cDNA da interação entre Theobroma cacao e Moniliophthora perniciosa seqüenciadas na UESC. Esse trabalho objetivou novos homólogos da proteína CISPR04 identificadas em bibliotecas de cDNA coordenadas pelo CIRAD e publicadas recentemente. Os homólogos de TcCysPr04 apresentaram ORF´s com 1068 pb, conforme análise com o ORF Finder. A análise da sequencia de aminoácidos deduzida a partir da sequencia de nucleotídeos indica que: (i) a proteína possui massa molecular e ponto isoelétrico estimados de 39 kDa e 5.43, respectivamente, de acordo com programa pI/MW; (ii) possui um peptídeo sinal, com provável sítio de clivagem entre os aminácidos 19 e 20, revelados pelo programa SignalP 2.0; e (ii) possui um domínio inibitório entre os aminoácidos 56 e 112 e um domínio catalítico entre os aminoácidos 158 e 353, identificados mediante análise com os programas Pfam e ProDom. Primers foram engenheirados a partir de um mapa de restrição preparado com o WebCutter, visando a clonagem e expressão de três versões da proteína: (i) a proteína completa (eliminando o peptídeo sinal); (ii) somente o domínio inibitório; e (iii) somente o domínio catalítico. Na continuidade desse trabalho essas versões deverão ser expressas em bactéria e empregadas em estudos de caracterização bioquímica e funcional da proteína.