La leptospirose est une zoonose de répartition mondiale dont les formes graves peuvent être mortelles pour l'Homme. Tous les mammifères sont susceptibles d'être réservoirs, la connaissance des hôtes de maintenance de Leptospira est un préalable essentiel à la mise en place de mesures de prévention. L'objectif de ce travail était l'étude épidémiologique de la leptospirose animale dans deux îles de l'Océan Indien : La Réunion et Mayotte. À La Réunion, nous montrons que 81,6% des rongeurs, 38,8% des carnivores errants, 46,5% des ruminants d'élevage et 48,3% des porcs étaient séropositifs. De plus, 68,4% des rongeurs, 31,2% des musaraignes, 28,9% des carnivores errants, 20,2% des ruminants d'élevage et 15,6% des truies hébergeaient des leptospires au niveau rénal. Les charges bactériennes rénales varient en fonction des espèces. L'excrétion urinaire de leptospires a été démontrée chez le chien, le rat, la souris, et la chauve-souris. À Mayotte, la séroprévalence est faible chez les lémuriens (2%) et les roussettes (10,2%), alors qu'elle est supérieure à 85% chez les chiens. La séroprévalence chez le rat noir est de 11,2% et 29,8% des rats sont porteurs rénal. Les résultats du séquençage montrent une grande diversité génétique des souches circulant chez le rat ainsi qu'une parfaite homologie avec celles isolées chez des patients mahorais, désignant le rat noir comme source de contamination pour l'Homme. Ces résultats ont des applications en santé humaine et vétérinaire. Dans des zones tropicales comme La Réunion et Mayotte, la prophylaxie ne doit pas seulement se résumer à la lutte contre les rats, mais doit considérer l'écosystème dans sa globalité.