L'objectif de la thèse a été de comprendre l'origine et la mise en place des 14 espèces endémiques de la famille des Sapotacées (réparties en 3 genres) au sein de l'archipel des Mascareignes à travers l'analyse de la structure de la diversité génétique à différentes échelles spatiales et temporelles. A l'échelle de la famille, l'analyse phylogénétique a révélé des clades à structure polytomique. Les résultats obtenues sont congruents avec les regroupements taxonomiques (forte différenciation entre tribus, trois groupes distincts au sein du genre Sideroxylon). Des variations intraspécifiques plus importantes que celles recensées à l'échelle interspécifique ont été mises en évidence chez les Labourdonnaisia. A l'échelle des deux lignées, Sideroxylon, l'analyse des microsatellites chloroplastiques à montré une forte diversité haplotypique structurée spatialement à l'échelle inter-îles et intra-île et l'espèce considérée. A l'échelle des Sideroxylon de la section Calvaria les marqueurs microsatellites nucléaires ont révélé une forte différenciation entre S.majus de la Réunion et les espèces mauriciennes. A Maurice, la différenciation est plus marquée entre S.grandiflorum et les deux autres espèces. A l'échelle de S.majus , une très forte diversité génétique structurée en trois groupes génétiques a été mise en évidence. La comparaison entre différentes cohortes n'indique pas d'érosion génétique mais une différenciation interpopulationnelle plus élévée chez les juvéniles. Ces résultats soulèvent la nécessité d'études complémentaires afin de déterminer les processus qui sont à l'origine des patrons détectés à différentes échelles spatiales et taxonomiques.(résumé d'auteur)