Les trypanosomes sont principalement responsables de deux maladies humaines : la trypanosomose humaine africaine, ou maladie du sommeil (due à Trypanosoma brucei gambiense et T. b. rhodesiense), et la maladie de Chagas en Amérique latine (due à T. cruzi). Cependant, des trypanosomes qui n'infectent habituellement que des animaux peuvent occasionnellement contaminer l'homme, provoquant des trypanosomoses humaines dites " atypiques ". T. evansi, responsable du surra, notamment chez les camélidés, les chevaux, les chiens et les bovins, et T. lewisi, parasite cosmopolite du rat, sont le plus souvent la cause de ces trypanosomoses atypiques. Ces infections peuvent être asymptomatiques ou non, évoluer spontanément vers l'élimination des parasites ou nécessiter un traitement. Des progrès dans l'identification précise des trypanosomes par biologie moléculaire (PCR) ont été réalisés. Des techniques sérologiques permettent le dépistage de sujets asymptomatiques. Plusieurs facteurs à l'origine de ces trypanosomoses, et pouvant agir de façon concomitante, ont été évoqués : immaturité du patient, et immunodéficience en particulier. Concernant l'immunité innée, il peut exister un déficit spécifique du facteur sérique trypanolytique, l'apolipoprotéine L1, qui empêche normalement l'infection de l'homme par les trypanosomes africains, parasites des animaux. Ce déficit a été constaté chez un patient indien infecté par T. evansi. La prévalence de ces infections est probablement sous-estimée. En outre, étant donné l'aptitude des parasites à envahir de nouveaux hôtes, elles pourraient constituer des zoonoses potentiellement émergentes. Un réseau international de surveillance de ces trypanosomoses atypiques, le Network on Atypical Human Infections by Animal Trypanosomes (NAHIAT), a été mis en place.