La carpe est le premier poisson de pisciculture à Madagascar ; sa population est issue d'introductions dont la première date de 1912. Partant d'un souci de recenser les ressources génétiques actuelles de cette espèce d'élevage au niveau national, des poissons de plusieurs bassins versants du milieu naturel et d'éleveurs variés ont été analysés. En parallèle, les producteurs d'alevins ont été enquêtés afin de comprendre si leurs pratiques étaient susceptibles d'avoir conservé des populations avec des caractéristiques spécifiques. Ce travail montre que la présentation habituelle des différentes variétés ne résiste pas à l'analyse génétique. Un réseau très actif d'écloseries incluant de nombreux producteurs de taille variable et donc un très grand nombre de géniteurs s'est montré en capacité d'entretenir une souche avec une bonne potentialité. Ce vaste réseau de producteurs d'alevins, de tailles différentes, constitue une ressource précieuse pour le développement de cet élevage qu'il convient de mettre en valeur. Les résultats obtenus sur le tilapia sont présentés en parallèle soulignant l'intérêt de s'interroger sur les ressources génétiques présentes.