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Adaptation des populations de Magnaporthe oryzae à une variété de riz pluvial (Oryza sativa) partiellement résistante et facteurs contribuant à l'initiation de la pyriculariose dans les Hautes Terres de Madagascar

Raveloson H.. 2018. Antananarivo : Université d'Antananarivo, 175 p.. Thèse de doctorat -- Science et technologie. Biotechnologie, Thèse de doctorat -- Science et technologie. Biotechnologie, Thèse de doctorat -- Science et technologie. Biotechnologie.

La résistance quantitative est généralement considérée comme une résistance durable. Pourtant, des cas d'adaptation de l'agent pathogène sur ce type de résistance existent dans certains pathosystèmes. La situation des Hautes Terres de Madagascar avec le déploiement massif de la variété Chhomrong Dhan (ChD) depuis 2006 en riziculture pluviale a été étudié afin de mieux comprendre l'érosion ou la durabilité d'une résistance quantitative pour le complexe riz et le champignon pathogène responsable de la pyriculariose Magnaporthe oryzae. Les épidémies de pyriculariose ont été suivies sur des parcelles paysannes dans six sites et sur un dispositif expérimental durant trois campagnes (2014-2017) ainsi que sur des parcelles témoins (avec ChD et Fofifa 154 variété sensible) durant une campagne (2015-2016). Ensuite, l'adaptation de l'agent pathogène a été évaluée par des comparaisons phénotypique et génétique des populations de M. oryzae échantillonnées récemment (campagnes 2014-2016 avec 351 souches) et avant le déploiement (entre 2001 et 2006 avec 455 souches). Des essais ont également été réalisés pour mesurer l'importance de différentes sources d'inoculum de M. oryzae qui pourraient constituer des éléments clés à gérer pour éviter la propagation d'éventuelles souches adaptées. Le niveau d'attaque de la pyriculariose paniculaire (60% des grains infectés) a été observé sur une variété sensible prouvant la présence d'inoculum de M. oryzae dans la région étudiée, alors que la sévérité paniculaire maximale recensée sur ChD est de 4%. La résistance de ChD reste donc efficace vis-à-vis des populations de M. oryzae dans les Hautes Terres. La structure génotypique des populations sur ChD varie en fonction des sites et en fonction des années. La comparaison des composantes d'agressivité (nombre de lésions, surface de lésions et nombre de spores produites) montre que le niveau d'agressivité est similaire entre les populations prélevées sur ChD et celles d'autres variétés. Ces résultats d'analyses moléculaires et de tests phénotypiques révèlent l'absence d'adaptation particulière des populations de M. oryzae actuelles sur ChD. Par contre, le déploiement de ChD semble avoir modifié la structure génotypique de population de M. oryzae de la riziculture pluviale sur les Hautes Terres à cause de la différence de fréquences de groupes clonaux entre les populations prélevées avant 2006 et les populations récentes. La caractérisation des sources d'inoculum de M. oryzae montre que les semences, les résidus de riz et les bases de tige jouent un rôle important dans le développement de la pyriculariose au champ.

Mots-clés : riz pluvial; magnaporthe; oryza sativa; madagascar; magnaporthe oryzae

Thématique : Maladies des plantes

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