Au niveau individuel, la théorie des capabilités insiste sur la capabilité d'une personne à réaliser ce que Amartya Sen appelle des fonctionnements. La personne s'appuie pour cela sur des droits (" entitlements ") constitués de ressources productives, de conditions de mises en marché, et, surtout, de possibilités de production composées non seulement de techniques mais aussi de connaissances. Il existe peu de précisions dans la théorie des capabilités sur la manière dont les facteurs de conversion opèrent pour transformer les droits de la personne en capabilités. Or c'est un élément décisif dans tout processus de changement. La théorie de l'Alliance, telle qu'elle est développée dans les sciences cognitives et comportementales, permet d'apporter un éclairage utile à la théorie des capabilités en se focalisant sur les relations de causalités entre ressources, droits, et capabilités. L'alliance peut se définir comme la collaboration mutuelle entre deux personnes pour atteindre des objectifs fixés. Elle est basée sur les principes de buts communs, d'accord mutuel sur les actions à réaliser pour les atteindre, et surtout, de confiance et de lien interpersonnel. Nous illustrons cela avec le cas des innovations intensives en connaissances, et en particulier les innovations agro-écologiques qui reposent sur les processus biophysiques complexes des ressources naturelles. L'alliance permet de dépasser les notions de "persuasion", de "manipulation" pour chercher à émanciper la personne et, dans notre cas, à être capable d'adopter des démarches agro-écologiques complexes.