L'étude de la structure génétique des populations d'une espèce à partir de données génomiques permet de comprendre son évolution, l'histoire de la propagation des individus, ses modes de reproduction ou les échanges de matériel génétique entre populations. Dans le cas d'espèces de microorganismes pathogènes, caractériser la structure et en comprendre les causes peut apporter des connaissances cruciales pour la gestion des épidémies ou la prédiction de leur évolution. Le champignon ascomycète Pyricularia oryzae infecte de nombreuses espèces de poacées et est responsable à lui seul de plus de 4% de perte de rendement sur la production mondiale de riz. En 1985, un saut d'hôte a entrainé l'émergence de la pyriculariose du blé. Les épidémies sur cette céréale restaient circonscrites à l'Amérique du sud mais ont émergés très récemment en Asie. L'étude de 81 génomes de P. oryzae prélevés de différentes espèces de poacées a confirmé l'existence de lignées hôte-spécifiques. Parmi celles-ci, la lignée Oryza (pathogène du riz) au sein de laquelle des groupes génétiques différenciés ont également été mis en évidence. Cependant, les facteurs impliqués dans cette différenciation ne sont pas connus. Ce travail de thèse porte sur l'étude de la structure des populations au sein de P. oryzae et avait deux objectifs principaux : i) mettre en évidence des polymorphismes spécifiques de la lignée Triticum responsable des épidémies de pyriculariose du blé afin de développer des outils de diagnostic essentiels pour éviter l'introduction de l'agent pathogène dans des régions encore indemnes de cette maladie ; ii) Affiner nos connaissances sur les lignées existantes au sein de la lignée Oryza et déterminer les facteurs responsables de cette structure génétique. La propagation sur de longue distance de la pyriculariose du blé est rendu possible par le transport de matériel biologique contaminé, comme les semences. La mise au point de méthodes de détection fiables de l'agent pathogène est donc