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Modélisation de l'encéphalite japonaise au Cambodge et prédiction des conséquences de son introduction à l'île de la Réunion

Ladreyt H.. 2021. Créteil : UPEC, 224 p.. Thèse de doctorat -- Epidémiologie.

Malgré l'existence d'un vaccin, le virus de l'encéphalite japonaise (VEJ) reste la principale cause d'encéphalite humaine en Asie avec un taux de létalité pouvant atteindre 30%. Le cycle épidémiologique traditionnellement décrit de cette zoonose à transmission vectorielle est remis en question avec des preuves croissantes de l'implication de systèmes multi-hôtes plus complexes, dans les régions où les densités de porcs (principaux hôtes amplificateurs) ou d'Ardéidés (réservoir généralement décrit) sont faibles. Les porcs jouent un rôle central dans la transmission du VEJ mais des réservoirs secondaires comme les volailles pourraient exister et participer à la circulation du virus. Au Cambodge, le VEJ pourrait se maintenir dans un système multi-hôtes comprenant des porcs et des volailles comme hôtes compétents, mais aussi des chiens, des bovins et des humains comme hôtes non compétents. Nous avons développé un modèle dynamique de la transmission du VEJ dans un village traditionnel de la province de Kandal au Cambodge. Ce modèle a été calibré avec des données démographiques et sérologiques issues d'une enquête que nous avons réalisée en 2018 sur des porcs, des poulets et des canards, ainsi que des chiens dont les sérums avaient été prélevés lors d'une enquête précédente. Le modèle a permis d'analyser les variations du nombre de reproduction de base (R0), du taux d'incidence annuel des infections humaines et de l'impact clinique associé chez l'homme en fonction de la composition du système multi-hôtes. Dans le village modélisé, la circulation endémique du VEJ pourrait être assurée par un système multi-hôtes complexe où les porcs domestiques sont essentiels à la persistance mais où les volailles pourraient agir comme réservoir secondaire. D'après les simulations, l'augmentation de la proportion d'hôtes compétents induisait une concentration des infections chez les enfants. Enfin, selon les prédictions du modèle, la probabilité annuelle d'exposition humaine était linéairement corrélée à la séroprévalence anti-VEJ canine, suggérant que dans notre zone d'étude, la séroprévalence anti-VEJ canine pourrait être un bon proxy de la probabilité annuelle d'exposition des hommes au VEJ. Les nombreux échanges commerciaux et humains dans l'Océan Indien font craindre une introduction du VEJ à l'île de La Réunion, où les vecteurs potentiels et les hôtes (compétents et non compétents) du VEJ sont présents et pourraient constituer un système multi-hôtes permettant la circulation du virus s'il venait à y être introduit. Nous avons adapté le modèle précédemment développé au contexte réunionnais afin d'analyser le risque de circulation du VEJ à La Réunion en cas d'introduction, en calculant des R0 autour des zones identifiées comme les plus à risque d'émergence : les élevages de porcs et leurs alentours. Le VEJ pourrait circuler au moins autour de certains élevages de porcs, et le risque d'introduction couplé au risque de circulation du VEJ le cas échéant, pose le problème d'une surveillance de l'EJ à La Réunion.

Mots-clés : virus encéphalite japonaise; encéphalite; modélisation; Épidémiologie; transmission des maladies; zoonose; cambodge; réunion

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