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Mécanismes adaptatifs facilitant l'alternance d'hôte chez le virus de la fièvre catarrhale ovine

Moreau Y.. 2021. Montpellier : Université de Montpellier, 178 p.. Thèse de doctorat -- Ecologie, évolution, ressources génétiques, paléontologie.

Les arbovirus forment un groupe polyphylétique d'espèces virales. Elles partagent la capacité d'infecter des arthropodes pour être transmise à différentes espèces d'hôte englobant les règnes animaux et végétaux. La convergence de virus aux architectures structurelles et génomiques si différentes vers ce mode de vie implique probablement des adaptations qui favorisent le maintien de ce cycle. Parmi elles, La variation du nombre de copie de gènes (VNCG) est un mécanisme candidat qui a récemment été mise en évidence chez un nanovirus de plante. Chez ce virus multipartite - dont les segments génomiques sont encapsidés individuellement - les fréquences de chacun de ces segments convergent vers une valeur spécifique dépendante de l'espèce hôte infectée. Nous questionnons ici le potentiel de la VNCG à jouer un rôle dans l'adaptation d'un arbovirus à génome segmenté (i.e. les segments sont séparés mais encapsidé au sein d'un même particule virale) : le virus de la fièvre catarrhale ovine (FCO). Le virus de la FCO est un virus de la famille des Reoviridae dont le génome se divise en dix segments. Nous avons développé une approche de RT-qPCR pour quantifier chaque segment génomique. Cette approche a été utilisée pour analyser des populations du virus de la FCO de sérotype 4 (FCO-4) issues d'un évènement épizootique naturel. Nous avons étudié les variations de fréquence de chacun de ses dix segments chez deux espèces de ruminant et chez le diptère Culicoides imicola, un des vecteurs principaux du virus de la FCO. Ces résultats présentent pour la première fois l'existence du phénomène de VNCG dans des populations naturelles d'un virus animal. De plus, des profils de fréquences de segments (formule génomique) dépendent de l'hôte infecté : ils sont similaires entre les hôtes ruminants et diffèrent entre ruminants et diptère. Ces résultats soutiennent un rôle potentiel de la VNCG dans l'adaptation à l'alternance d'hôte chez le virus de la FCO. Une approche d'infection expérimental

Mots-clés : virus bluetongue; fièvre catarrhale ovine; génome; hôte alternatif; culicoides imicola

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