Antecedentes. La agrobiodiversidad es uno de los principales pilares de la agricultura en México, por lo que su conservación es una prioridad para la sostenibilidad y resiliencia del sistema agroalimentario. Objetivo. Analizar el estado de la agrobiodiversidad en el sistema agrícola, alimentario y de conservación de recursos genéticos de México. Metodología. Metodológicamente se adaptó e implementó el Índice de Agrobiodiversidad, se midieron diez indicadores y 16 variables, enfocados en la medición de la diversidad de especies, diversidad varietal, especies subutilizadas y complejidad del paisaje. Resultados. El Índice Estado de Agrobiodiversidad para México fue moderado (56/100), el puntaje para el sistema alimentario fue alto (66.6/100), el sistema agrícola presentó puntajes altos (63.1/100) y el sistema de conservación presentó puntajes bajos (38.4/100). Implicaciones. El sistema de conservación se ha enfocado en especies de plantas comerciales, dejando un vacío en la conservación y uso sostenible de especies silvestres y no comerciales. En el sistema agrícola y de conservación se destaca la necesidad de plataformas con información biológica más específica (niveles intraespecíficos, variedades, razas, cultivares) que permita la estimación más precisa de la agrobiodiversidad en el país. Conclusión. Aunque el país cuenta con una alta diversidad de especies animales y vegetales que sirven como fuente de alimentación, estas opciones se encuentran subutilizadas en el sistema alimentario.