La maladie du tomato yellow leaf curl (tylc) est l'une des maladies virales les plus dévastatrice des cultures de tomates. Elle est causée par un complexe d'espèces virales du genre Begomovirus (famille Geminiviridae). Ce sont des virus à ADN simple brin circulaire, très recombinogène et transmis par l'aleurode Bemisia tabaci. Le virus le plus répandu de ce complexe est le Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV). Dans le bassin méditerranéen, le Tomato yellow leaf curl Sardinia virus (TYLCSV) est l'autre espèce associée au tylc. Pour lutter contre la maladie, l'utilisation de variétés résistantes est la solution la plus répandue. Les variétés portant le gène Ty-1 sont les plus utilisées et ont largement remplacé les variétés sensibles. Les tomates Ty-1 ne présentent aucun symptôme et l'accumulation virale y est environ dix fois plus faible que dans des plantes sensibles. Mais en 2010, dans le Souss, au Sud du Maroc, des symptômes de tylc ont été détectés sur les variétés Ty-1, et l'analyse de ces plantes a révélé la présence d'un nouveau recombinant entre TYLCV-IL et TYLCSV appelé TYLCV-IS76. Son nom est inspiré du fragment de 76 nucléotides hérité du parent TYLCSV dans la région intergénique. Ce recombinant a quasiment remplacé les virus parentaux dans le Souss et s'est propagé vers le Nord du Maroc. Son émergence coïncide avec le remplacement des variétés sensibles par des variété Ty-1. Son pouvoir invasif a pu être expérimentalement expliqué en montrant que dans des plantes Ty-1, TYLCV-IS76 s'accumule plus que les parents et qu'il affecte lourdement l'accumulation du TYLCV-IL. L'objectif de cette thèse est d'une part d'affiner le scénario d'émergence de TYLCV-IS76 et d'autre part de comprendre les mécanismes moléculaires qui sous-tendent son exceptionnelle compétitivité.La compétitivité de TYLCV-IS76 a été testé dans des conditions contrôlées permettant de simuler des situations naturelles. Ainsi, le TYLCV-IS76 a été coinoculé avec ses virus parentaux dans des plan