Dans le contexte agricole, la santé des sols fait particulièrement écho aux services écosystémiques rendus par les communautés microbiennes du sol, qui stimulent la croissance des plantes par l'apport de nutriments, la régulation des pathogènes, ou encore la biosynthèse de phytohormones affectant la phénologie des plantes, leurs réponses aux stress biotiques et abiotiques, ou encore leurs traits morphologiques. Si cette liste non-exhaustive démontre l'importance des communautés microbiennes des sols pour l'agriculture, la production d'indicateurs simples et interprétables, pour les producteurs et les services techniques, des fonctions portées par le microbiome du sol demeure une question encore non résolue. Ce travail de recherche se base sur l'hypothèse selon laquelle les fonctions microbiennes supports de la croissance des plantes serait un indicateur pertinent de la santé des sols. Ce travail part également du constat de manque de connaissances des cortèges microbiens associés aux sols Réunionnais. Ainsi, dans un large panel de contextes pédoclimatiques (n=39), de systèmes agricoles et d'itinéraires techniques, les communautés bactériennes du sol ont été échantillonnées, puis décrites par analyse d'ADN environnemental afin de définir l'effet des composantes environnementale et agronomique sur le microbiome des sols maraichers. Ces données collectées ont permis d'identifier les taxons en présence, leurs fonctions, et leurs niches environnementales et de proposer des indicateurs de qualité biologiques des sols agricoles basé sur la redondance fonctionnelle des communautés. Une expérimentation en condition contrôlées a ensuite été mise en place afin de valider l'effet bénéfique de ces indicateurs sur la santé des plantes cultivées en étudiant des sols inoculés avec 12 communautés bactériennes différentes, dont la composition était connue. Pour tester la pertinence des indicateurs proposés, la croissance des plantes a été également été mesurée en condition de stress