Publications des agents du Cirad

Cirad

Cette entrée donne accès aux publications déposées dans Agritrop, pour chaque auteur en activité au Cirad.

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Unité d'affectation : UMR AGAP (Bios)
Année de publication : Type de document :

14 publications

KmerCity and AdmixKmer: Repeated K-mers-based tools for analyzing ancestry in complex admixed genomes

Garsmeur O., Rio S., Pompidor N., D'Hont A.. 2026. In : Environmental and Agronomical Genomis Symposium, February 18-20, 2026 : Books of abstracts. Paris : France Géonomique, p. 57. Environmental and Agronomical Genomics Symposium (EAGS 2026), 2026-02-18/2026-02-20, Paris (France).

Résumé

Communication de congrès

Combining ability of banana triploid hybrid progenitors and genomic prediction of cross performance for agro-morphological traits

Toniutti L., Rio S., Madec C., Ricci S., Guiougou C., Marius F., Mina C., Delos J.M.E., Lambert F., Efile J.C., D'Hont A., Martin G., Hoarau J.Y., Salmon F.. 2025. Genetics, 230 (4) : 16 p..

DOI: 10.18167/DVN1/YSM8R7

DOI: 10.1093/genetics/iyaf119

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

HaploCharmer: a Snakemake workflow for read-scale haplotype calling adapted to polyploids

Rio S., Abdallah S., Durand T., D'Hont A., Garsmeur O.. 2025. Peer Community Journal, 5 : 15 p..

DOI: 10.5281/zenodo.17185942

DOI: 10.24072/pcjournal.631

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The genomic footprints of wild Saccharum species trace domestication, diversification, and modern breeding of sugarcane

Garsmeur O., Rio S., Pompidor N., Lipzen A., Hervouet C., Durand T., Daum C., Yoshinaga Y., Butterfield M., Sanchez A., Piperidis G., Lincoln N.K., Hale A., Hoarau J.Y., Terajima Y., Lakshmanan P., Sacks E., Sharma S., Vitrac M., Barry K., Schmutz J., D'Hont A.. 2025. Cell, 188 (25) : p. 7252-7266.

DOI: 10.18167/DVN1/YOH50G

DOI: 10.1016/j.cell.2025.09.017

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

The major contribution of resistance to orange rust and yellow leaf in modern sugarcane hybrids comes from Saccharum spontaneum as evidenced by genome-wide association studies

Hoarau J.Y., Dijoux J., Dumont T., Barau L., Garsmeur O., Rio S., D'Hont A.. 2025. Sugar Tech : 6 p.. ISSCT Centennial Congress. 32, 2025-08-24/2025-08-28, Cali (Colombie).

DOI: 10.1007/s12355-025-01699-8

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Genome-wide association for agro-morphological traits in a triploid banana population with large chromosome rearrangements

Rio S., Toniutti L., Salmon F., Hervouet C., Cardi C., Mournet P., Guiougou C., Marius F., Mina C., Delos J.M.E., Lambert F., Madec C., Efile J.C., Cruaud C., Aury J.M., D'Hont A., Hoarau J.Y., Martin G.. 2024. Horticulture Research : 23 p..

DOI: 10.18167/DVN1/FTM7GC

DOI: 10.1093/hr/uhae307

Article (a-revue à facteur d'impact)

Revisiting superiority and stability metrics of cultivar performances using genomic data: Derivations of new estimators

Carvalho F.H., Rio S., García-Abadillo J., Isidro y Sánchez J.. 2024. Plant Methods, 20 : 16 p..

DOI: 10.1186/s13007-024-01207-1

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Unveiling the predominance of Saccharum spontaneum alleles for resistance to orange rust in sugarcane using genome-wide association

Dijoux J., Rio S., Hervouet C., Garsmeur O., Barau L., Dumont T., Rott P., D'Hont A., Hoarau J.Y.. 2024. Theoretical and Applied Genetics, 137 : 17 p..

DOI: 10.1007/s00122-024-04583-3

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Revealing the predominance of Saccharum spontaneum alleles for resistance to orange rust in sugarcane using genome-wide association

Dijoux J., Rio S., Hervouet C., Garsmeur O., Barau L., Dumont T., Rott P., D'Hont A., Hoarau J.Y.. 2024. In : Breeding, Biotechnology and Germplasm Utilization for Developing Climate-Smart and Resource-Efficient Sugarcane Varieties. Book of Abstracts. s.l. : s.n., p. 30-30. Germplasm & Breeding. 13, 2024-07-08/2024-07-12, Coimbatore (Inde).

Résumé

Communication de congrès

Detecting directional and non-directional epistasis in bi-parental populations using genomic data

Rio S., Charcosset A., Moreau L., Mary-Huard T.. 2023. Genetics, 224 (3) : 10 p..

DOI: 10.1093/genetics/iyad089

Résumé

Article (a-revue à facteur d'impact)

Variation of morphological and yield traits in a banana (Musa acuminata) breeding program of triploid populations: lessons for selection procedures and criteria

Toniutti L., Rio S., Martin G., Hoarau J.Y., Salmon F.. 2023. In : Bus Vincent (ed.), Causse Mathilde (ed.). Proceeding of the International Symposium on Breeding and Effective Use of Biotechnology and Molecular Tools in Horticultural Crops. Louvain : ISHS, p. 539-546. (Acta Horticulturae). International Horticultural Congress (IHC 2022): International Symposium on Breeding and Effective Use of Biotechnology and Molecular Tools in Horticultural Crops. 31, 2022-08-14/2022-08-20, Angers (France).

DOI: 10.17660/ActaHortic.2023.1362.72

Résumé

Communication de congrès

A new era for sugarcane breeding

D'Hont A., Garsmeur O., Rio S., Hervouet C., Hoarau J.Y.. 2023. In : French sugarcane expertise. Montpellier : CIRAD; eRcane, p. 22-23.

Chapitre de rapport

Building a calibration set for genomic prediction, characteristics to be considered, and optimization approaches

Rio S., Charcosset A., Mary-Huard T., Moreau L., Rincent R.. 2022. In : Ahmadi Nourollah (ed.), Bartholomé Jérôme (ed.). Genomic prediction of complex traits: methods and protocols. New York : Humana Press; Springer, p. 77-112. (Methods in Molecular Biology, 2467).

DOI: 10.1007/978-1-0716-2205-6_3

Résumé

Chapitre d'ouvrage

Genome wide association studies of resistance of sugarcane (Saccharum spp.) to orange rust caused by Puccinia kuehnii

Dijoux J., Rott P., D'Hont A., Hoarau J.Y., Rio S.. 2022. Montpellier : s.n., 1 p.. AGAP Days, 2022-12-06/2022-12-07, Montpellier (France).

Communication de congrès