La collection de génotypes de cotonnier du Cirad est une des plus importantes au monde. Le Centre actif des ressources génétiques situé au Costa Rica a pour buts le renouvellement et l'évaluation des accessions, la création de populations sources et la multiplication des variétés. La mise en évidence de marqueurs moléculaires associés à des QTL (Quantitative Trait Loci) devrait faire progresser la sélection cotonnnière. Concernant le cotonnier transgénique, des travaux sont en cours pour transférer des caractères de résistance aux insectes contre les lépidoptères phyllophages. La diversité des itinéraires techniques et des conditions naturelles et économiques implique la constitution d'un catalogue de types variétaux nouveaux, capables de répondre à un grand nombre d'adaptations. La recherche engage un véritable dialogue avec les acteurs des filières : c'est l'approche participative, expérimentée au Bénin où des producteurs sont associés à la sélection. Le Cirad met en oeuvre des outils novateurs : méthodes de tri précoces, simulation de la croissance (plant mapping). L'évolution économique mondiale oblige aussi les transformateurs industriels à tenir compte de la concurrence liée à la qualité de la fibre ; des solutions variétales voient le jour concernant les fragments de coque. Au Brésil, la variété CD401 créée grâce à la collaboration entre le Cirad et la Coodetec, possédant une fibre, d'excellente qualité, pourrait permettre d'améliorer l'image du coton brésilien.