Les marqueurs moléculaires constituent un outil puissant pour étudier le génome de la canne à sucre. L'étude de la variation allélique a confirmé les schémas taxonomiques antérieurs et a fourni des informations nouvelles. Les études de cartographie du génome ont permis une meilleure compréhension de la structure génomique complexe des variétés modernes. Elles ont montré qu'une part importante de la structure des chromosomes se conserve entre espèces de la même tribu, particulièrement entre la canne à sucre et le sorgho. Les nouvelles techniques d'hybridation in situ ont été appliquées; elles sont d'un grand intérêt pour les croisements interspécifiques en amélioration variétale de la canne