La disponibilité de marqueurs moléculaires a permis la comparaison des cartes génétiques de différents taxons. Parmi la famille des Poacées (graminées), des espèces aussi différentes que le riz, le blé et le maïs montrent une co-linéarité à l'intérieur de larges régions du génome entier. Ceci ouvre la voie pour le développement d'outils moléculaires d'intérêt général utilisant le génome simple du riz. De nombreuses graminées importantes sur le plan agronomique appartiennent à deux familles principales. Les comparaisons entre le maïs, le sorgho et la canne à sucre, trois membres de la tribu des Andropogonées, sont passées en revue brièvement. Un exemple d'une région particulière du génome est utilisé pour élargir la comparaison avec le riz et illustrer différentes applications de la cartographie comparée du génome