En Amérique centrale, l'IICA/PROMECAFE, le CATIE et la coopération française développent un programme régional d'amélioration génétique du caféier dont le but est d'enrichir la base génétique des variétés cultivées. Ce programme repose sur l'utilisation des ressources génétiques disponibles afin d'introduire de nouvelles caractéristiques dans le matériel cultivé. Cependant, une utilisation rationnelle des ressources génétiques requiert des informations sur l'organisation de l'information génétique au niveau moléculaire. Cet article présente les résultats des recherches entreprises par diverses équipes qui ont utilisé les outils de la biologie moléculaire pour étudier les ressources génétiques caféières. Les résultats concernent la structure de la diversité génétique des espèces, les relations phylogénétiques entre espèces et le marquage de caractères. Les techniques utilisées sont discutées avec une vision critique dans le but de pouvoir appuyer le programme régional d'amélioration à court et moyen termes.