Diverses procédures d'échantillonnage du taux de fruits attaqués par le scolyte du caféier sont actuellement employées. Les plus simples préconisent un échantillonnage aléatoire sur la parcelle. D'autres recommandent un choix semi-systématique de caféiers ou de groupes de caféiers, chaque arbre étant sondé aléatoirement. Ces différents types d'échantillonnages, ainsi que l'échantillonnage systématique, ont été testés sur le terrain. L'échantillonnage aléatoire sur un arbre entraîne un biais important dans l'estimation, variable en fonction des observateurs. Les taux d'attaque sont généralement surestimés car les observateurs semblent privilégier certains types de fruits (rouges, perforés) et favoriser les zones du caféier facilement accessibles (zone intermédiaire, extrémités des branches) qui sont souvent les plus attaquées. L'échantillonnage systématique est meilleur, mais il nécessite beaucoup plus de temps de travail. A l'échelle de la parcelle, on retrouve le même phénomène